正如许多强效药物一样，阿扎胞苷在使用过程中也可能伴随着一系列副作用，这是患者和医生在决定治疗方案时必须认真考虑的因素。
最常见的不良反应(发生率≥10%)是恶心、呕吐、腹泻、疲劳/虚弱、便秘、肺炎、腹痛、关节痛、食欲下降、发热性中性粒细胞减少、头晕和四肢疼痛。
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参考资料：FDA说明书，FDA更新于2021年5月的说明书https://www.accessdata.fda.gov/scripts/cder/daf/index.cfm?event=overview.process&ApplNo=214120
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